Thực vật ngành Thông phát sinh từ kỷ Devon trong đại Cổ Sinh, phát triển mạnh ở kỷ Than đá, kỷ Permi và giảm dần từ kỷ Tam điệp trong đại Trung Sinh. Nhiều loài hiện đã tuyệt diệt hoặc thu hẹp phạm vi phân bố. Người ta tìm thấy nhiều mẫu hóa thạch của thực vật ngành thông có niên đại cacbon từ khoảng 300 triệu năm trở lại đây. Những loài còn xuất hiện ngày này cũng có hóa thạch tìm được có niên đại tới 60-120 triệu năm và người ta gọi chúng là những loài thực vật cổ.